Die ursprünglichen Aufgaben des Ministeriums für Makedonien und Thrakien werden heute weitgehend von den Regionen West-Makedonien, Zentral-Makedonien und Ost-Makedonien-Thrakien selbst wahrgenommen. Zwischen den genannten Regionen findet auch eine übergeordnete Zusammenarbeit statt. Warum also trotzdem ein Ministerium für Makedonien und Thrakien eingeführt wurde bleibt unklar. Kritiker sehen darin vor allem ideologische Gründe oder die Befriedung bestimmter Interessen. Für die Politik gegenüber der Republik Makedonien ist der griechische Ministerpräsident und das griechische Außenministerium zustände. Für die Region Makedonien und Thrakien sind die entsprechenden Regionen selbst zuständig. Wahrscheinlich hat das Ministerium für Makedonien und Thrakien vor allem eine symbolische Bedeutung.
Der neue Minister für Makedonien und Thrakien Theodoros Karaoglou führte in seiner ersten Erklärung aus, dass die De-Industrialisierung und Arbeitslosigkeit im Norden Griechenlands das größte Problem sei. Er fügte weiter hinzu, dass die Priorität des Ministeriums in Zusammenarbeit mit dem Ministerium für Finanzen sei, Anreize für Unternehmen zu schaffen sich in der Region Makedonien und Thrakien wieder anzusiedeln und Unternehmen die aus steuerlichen Gründen nach Bulgarien und der Republik Makedonien abwanderten wieder zurückzuholen. Das soll vor allem durch steuerliche Anreize geschähen, da in den Nachbarländern von Griechenland günstigere Steuersätze gelten.
Ob das wieder eingerichtete Ministerium für Makedonien und Thrakien im Zusammenspiel von griechischer Regierung und den griechischen Regionen eine Bedeutung erlangt oder überhaupt Sinn macht wird sich zeigen. Letztendlich werden erst die Ergebnisse seiner Arbeit ein endgültiges Urteil über Sinn und Zweck des Ministeriums für Makedonien und Thrakien möglich machen.