Die heutige Form der Makedonisch-Orthodoxen Kirche als eigenständige (autokephale) Kirche auf dem Gebiet der früheren „Sozialistischen Republik Makedonien“, welche damals ein Gliedstaat der „Sozialistisch Föderativen Republik Jugoslawien“ („SFRJ“) war, entstand im Jahre 1967. Bis dato unterstand die Makedonisch-Orthodoxe Kirche der Serbisch-Orthodoxen Kirche. Bis heute wird ihre Unabhängigkeit von keiner anderen orthodoxen Kirche auf der Welt anerkannt. Die Entwicklung einer eigenständigen Makedonisch-Orthodoxen Kirche ist im Kontext der Anerkennung und Entwicklung der ethnischen bzw. slawischen Makedonier als eigenständige Kulturnation zu sehen. Sie wurde von den damaligen kommunistischen Machthabern in der SFRJ und der SR Makedonien gefördert. Heute hat sich diese Kirche im Rahmen der nunmehr unabhängigen Republik Makedonien ebenso fest etabliert. Die Makedonisch-Orthodoxe Kirche gliedert sich auf dem Gebiet der Republik Makedonien in acht Diözesen (Eparchien). Außerhalb Makedoniens gibt es insgesamt drei Diözesen (Eparchien) in Europa, Amerika und Australien. Unter elf Bischöfen gibt es derzeit etwa 600 aktive Priester in 500 Kirchengemeinden mit mehr als 2.000 Kirchen und Klöstern. In etwa 20 makedonisch-orthodoxen Klöstern leben rund 100 Mönche und Nonnen.

Strittig ist neben der Eigenständigkeit der Makedonisch-Orthodoxen Kirche auch ihr Name, welcher den Begriff Makedonien beinhaltet. Im Zuge der Namensverhandlungen zwischen Griechenland und der Republik Makedonien kam jetzt von der Makedonisch-Orthodoxen Kirche ein Vorschlag zur Lösung dieses Kirchenstreits. Demnach würde sich die Makedonisch-Orthodoxe Kirche in „Autokephales Erzbistum Ohrid“ umbenennen. Der Name wäre auch historisch verankert. Die Makedonisch-Orthodoxe Kirche steht in der Nachfolge und Tradition dieses Erzbistums, welches vom 11. bis zum 18. Jahrhundert bestand und im Jahre 1958 wieder gegründet wurde. Im Jahr 1967 entstand daraus dann die Makedonisch-Orthodoxe Kirche.

Etwa zwei Drittel der Bürgerinnen und Bürger der Republik Makedonien sind orthodoxe Christen, welche überwiegend in der Makedonisch-Orthodoxen Kirche organisiert sind. Mit der Bezeichnung „Autokephales Erzbistum Ohrid“ soll auch deren Anerkennung durch die anderen orthodoxen Kirchen erreicht werden. Die Heilige Synode des Ökumenischen Patriarchats von Konstantinopel hat nun signalisiert, dass sie diesen Vorschlag aus der Republik Makedonien prüfen werde.