Ein gemeinsamer, interdisziplinärer Sachverständigenausschuss für Geschichts-, Archäologie- und Bildungsfragen wurde gemäß dem Prespa-Abkommen vom 17. August 2018 eingerichtet, um die objektiv-wissenschaftliche Interpretation historischer Ereignisse durchzuführen, basierend auf authentischen, evidenzbasierten und wissenschaftlich fundierten Quellen und archäologischen Funden. Der Ausschuss prüft nach eigenem Ermessen auch alle Schulbücher und Schulhilfsmittel, wie Karten, historische Atlanten, Lehrpläne (nachfolgend zusammengefasst als Lehrmittel bezeichnet), welche im Gebrauch von Griechenland und der Republik Nord-Makedonien sind. Diese Überprüfung erfolgt in Übereinstimmung mit den Prinzipien und Zielen der UNESCO und des Europarates. Zu diesem Zweck legt der Ausschuss einen genauen Zeitplan fest, um beiden Vertragsstaaten zu übermitteln, welche Lehrmittel, die ein Jahr nach der Unterzeichnung des Prespa-Abkommens vom 17. Juni 2018 in Gebrauch sind, irredentistische oder revisionistische Verweise enthalten. Hierbei werden auch neue Ausgaben von Lehrmitteln geprüft. Der Sachverständigenausschuss wird regelmäßig, mindestens jedoch zweimal jährlich einberufen, spricht Empfehlungen aus und erstellt einen jährlichen Tätigkeitsbericht.
Am 22./23. März 2018 fand eine Sitzung dieses Ausschusses in der Republik Nord-Makedonien statt. Bei dieser Sitzung gab es eine Annäherung in den Positionen unter den Mitgliedern des Ausschuss aus Griechenland und der Republik Nord-Makedonien bezüglich der Strategie zur Überwindung der Unterschiede in den Lehrmaterialien. Laut Quellen, die mit der Arbeit des Ausschusses vertraut sind, besteht das Ziel darin, eine Formel oder einen Weg zur Neuinterpretation bestimmter Ereignisse zu finden, um Inhalte nicht aus Lehrbüchern ausschließen zu müssen. Bei dem Treffen gelang es beiden Seiten die Ansichten zu den Konzepten einer solchen Neuinterpretation, basierend auf den Grundsätzen und Formulierungen des Europarats und der UNESCO, zu harmonisieren.
Vom Ausschuss wurden bisher die Antike behandelt, gefolgt vom Mittelalter und dann vom 19. und 20. Jahrhundert. Allerdings sind diese Betrachtungen noch nicht abgeschlossen. Die nächste Sitzung des Gremiums soll am 12./13. April 2019 in Griechenland stattfinden.