Am 24. April 2014 startete das Portal „Pelagon“ den „Wissenschaftlichen Dienst zu Makedonien / Südosteuropa“ Dieser besteht aus einer Datenbank mit grundlegenden Ausarbeitungen und Dokumentationen sowie dem Angebot konkrete Ausarbeitungen anzufordern und Fragen zu stellen. Die im Rahmen dieses Dienstes entwickelten Lösungskonzepte zur Beendigung des Kulturstreits um „Makedonien“ und des daraus resultierenden Namensstreits finden auch Anwendung im Prespa-Abkommen vom 17. Juni 2018. Doch damit hat sich die Arbeit dieses Dienstes noch nicht erschöpft und wird mit hohem Anspruch fortgesetzt werden.
In den Rubriken „Makedonien (Region)“, „Makedonien (Staat)“, „Die makedonische Frage“, „Balkan / Südosteuropa“ und „Jugoslawien“ befinden ausführliche und informative Ausarbeitungen und Dokumentationen zu historischen und aktuellen Themen. Alle Ausarbeitungen und Dokumentationen werden mit größtmöglicher Objektivität und wissenschaftlichen Anspruch verfasst. Sie beinhalten eine ausführliche, grundlegende und zusammenfassende Einführung in die jeweiligen historischen und aktuellen Themengebiete. Diese können dann bei Bedarf mit entsprechender Fachliteratur vertieft werden.
Zusätzlich können Anfragen gestellt werden. Diese werden in Form von Kurzmitteilungen oder in Absprache auch in Form von ausführlichen Ausarbeitungen und Dokumentationen beantwortet. Des Weiteren können entsprechende Anfragen auch auf Wunsch an gesellschaftliche und wissenschaftliche Stellen weitergeleitet oder entsprechende Kontakte hergestellt werden.