Das Verfassungsgericht der Republik Makedonien hat am 19. September 2018 die Initiative zur Beurteilung der Verfassungsmäßigkeit und Rechtmäßigkeit der am 30. Juli 2018 vom Parlament beschlossenen Ankündigung des Referendums für den 30. September 2018 abgelehnt. Damit kann das Referendum zum Prespa-Abkommen wie vorgesehen am 30. September 2018 stattfinden.
Von den insgesamt 9 Richterinnen und Richtern des Verfassungsgerichtes stimmte 7 für den gefassten Beschluss und 2 dagegen. Allerdings sahen die Richterinnen und Richter durchaus Mängel, diese führen jedoch im Ergebnis nicht zur Verfassungswidrigkeit des Parlamentsbeschlusses vom 30. Juli 2018. Hauptkritikpunkte der ablehnenden Richterinnen und Richter waren, dass die Fragestellung mehrdeutig sei und der Außenminister Nikola Dimitrov keine Kompetenz zur Unterzeichnung des Prespa-Abkommens gehabt habe. Bei der Beurteilung der Richterinnen und Richter dürften auch die internationalen Auswirkungen einer Aufhebung des Referendums eine Rolle gespielt haben.
Die Beschwerdeführer vor dem Verfassungsgericht waren der Auffassung, dass die parlamentarische Entscheidung über das Referendum vom 30. Juli 2018 nicht mit der Verfassung der Republik Mazedonien, dem Gesetz über Referenden und anderen Formen der direkten Meinungsäußerung der Bürgerinnen und Bürger sowie mit den von der Venedig-Kommission festgelegten europäischen Standards und Praktiken für ein gutes Referendum im Einklang stehen. Sie forderten, dass das Verfassungsgericht die Entscheidung über ein Referendum vollständig aufhebe oder eine am 30. September 2018 getroffene Entscheidung vollständig annulliere.
Damit können die Bürgerinnen und Bürger am 30. September 2018 über das Prespa-Abkommen abstimmen. Trotz der Verknüpfung der Frage mit einer möglichen EU- und NATO-Mitgliedschaft der Republik Makedonien geht es bei dem Referendum primär um die Frage, ob der im Juni 2018 ausgehandelte Kompromiss mit Griechenland angenommen oder abgelehnt werden soll.