Nach der Niederlage des unter anderem von der Nea Dimokratia (ND) unterstützten Ja-Lagers beim Referendum in Griechenland am 05.07.2015 trat in Reaktion darauf Andonis Samaras vom Vorsitz der Nea Dimokratia zurück. Damit wird bald eine neue ND-Vorsitzende oder ein neuer ND-Vorsitzender gewählt werden.
Am 29. November 2009 wurde Andonis Samaras in einer direkten Wahl von den Parteimitgliedern zum Vorsitzenden der ND gewählt. Er setzte sich bei dieser Wahl gegen seine damalige Herausforderin Dora Bakogianni durch. Nach dem bei der ersten griechischen Parlamentswahl während der schweren Staats-, Finanz- und Wirtschaftskrise am 06. Mai 2012 aufgrund des Wahlergebnis keine Regierung gebildet werden konnte kam es am 17. Juni 2012 zur Neuwahl des griechischen Parlaments. Bei dieser Wahl wurde die ND mit 29,7 Prozent der Stimmen stärkste Kraft und erhielt als stärkste politische Partei ein Bonus von 50 zusätzlichen Parlamentssitzen. Es gelang Andonis Samaras eine Koalition aus der ND, der Panhellenischen Bewegung (PASOK) und der Demokratischen Linken (DIMAR) zu bilden. Am 20. Juni 2012 wurde Andonis Samaras Ministerpräsident dieser Koalitionsregierung. Die DIMAR trat am 23. Januar 2013 aus der Regierungskoalition aus, doch hatten ND und PASOK immer noch eine dünne Mehrheit im Parlament.
Das Scheitern der durch Andonis Samaras vorgezogenen griechischen Präsidentenwahlen durch das griechischen Parlament im Dezember 2014 aufgrund des Fehlens einer qualifizierten Mehrheit für den Präsidentschaftskandidaten führte gemäß der griechischen Verfassung zu vorgezogenen Parlamentswahlen, welche am 25. Januar 2015 stattfanden. Bei dieser Wahl kam die ND zwar auf 27,81 Prozent der Stimmen, jedoch wurde das Linksbündnis SYRIZA mit 36,34 Prozent deutlich stärkste Kraft. Am 26. Januar 2015 löste eine Koalitionsregierung des Linksbündnisses SYRIZA und der Unabhängigen Griechen (ANEL) unter Ministerpräsident Alexis Tsipras die Regierung aus ND und PASOK ab. Damit endete das Amt von Andonis Samaras als Ministerpräsident. Er blieb jedoch bis zu der Niederlage der ND bei dem Referendum vom 05. Juli 2015 ND-Vorsitzender und Oppositionsführer.
Mit Andonis Samaras verlässt als Hardliner in der sogenannte Namensfrage der Republik Makedonien die politische Bühne. Andonis Samaras lehnte jeden möglichen Kompromiss mit der Republik Makedonien in der Namensfrage ab. Unter seiner Regierung kam es zu keinen direkten Kontakten mit der Republik Makedonien. Von 1990 bis 1992 war Andonis Samaras Außenminister in der griechischen Regierung unter Ministerpräsident Konstantin Mitsotakis. Er trat zurück, weil ihm der Ministerpräsident in der makedonischen Namensfrage zu kompromissbereit war. Im Jahr 1993 gründete Samaras eine von der ND rechtsstehende Partei, den „Politischen Frühling“. Bei der griechischen Parlamentswahl am 10. Oktober 1993 erzielte er mit 4,9 Prozent der Stimmen und zwei Sitzen im Parlament einen Achtungserfolg, was der ND Stimmen kostete und die PASOK an die Macht brachte. Die PASOK unter Andreas Papandreou hat seinerzeit eine wesentlich härtere Haltung in der Namensfrage der Republik Makedonien und war auch für das Embargo gegen die Republik Makedonien vom 16. Februar 1994 bis zum 14. Oktober 1995 verantwortlich. Bei der griechischen Parlamentswahl im Jahre 1996 scheiterte der Politische Frühling bereits knapp an der Dreiprozenthürde. Nach dem Scheitern bei der Wahl zum Parlament der Europäischen Union (EU) trat der Politische Frühling bei keiner Wahl mehr an. Im Jahre 2004 kehrte Andonis Samaras zur ND zurück. In der von der ND gestellten Regierung unter Ministerpräsident Konstantinos Karamanlis, welche zwischen 2004 und 2009 amtierte, wurde Andonis Samaras Kulturminister. Nach der Wahlniederlage der ND bei den griechischen Parlamentswahlen im Jahr 2009 wurde Andonis Samaras ND-Vorsitzender und Oppositionsführer.