In der griechischen Region Makedonien lebt eine ethnisch-slawisch-makedonische Minderheit, welche neben der griechischen Sprache auch die makedonische Sprache spricht. Nach unabhängigen Angaben gehören etwa 45.000 Personen in der griechischen Region Makedonien dieser Minderheit an. In dem Prespa-Abkommen vom 17. Juni 2018 wurde die Amtssprache der Republik Makedonien als „Makedonisch“ anerkannt, wie diese Sprache seit dem Jahr 1977 auch im Rahmen der Vereinten Nationen bereits als solche anerkannt wird. In dem Prespa-Abkommen wird präzisiert, dass Makedonisch zur südslawischen Sprachgruppe gehört und nichts mit der Sprache der antiken Makedonier zu tun hat.
Für Irritationen in Griechenland sorgte nun die Aussage des makedonischen Ministerpräsidenten Zoran Zaev, dass die „makedonische Sprache“ für die „Ägäis-Makedonier“ an den Schulen unterrichtet werden müsse. Griechenland erkennt jedoch auf seinem Territorium keine makedonische Minderheit und Sprache an. Aus griechischer Sicht handele es sich um slawophone Griechen, welche einen slawischen Dialekt sprächen. Zwar ist die Auffassung von Zoran Zaev durchaus vertretbar, doch war sie zu diesem Zeitpunkt taktisch extrem unklug. Über solch strittige Themen sollte erst dann gesprochen werden, wenn sich die Beziehungen zwischen Griechenland und der Republik Makedonien deutlich in Richtung Freundschaft und Vertrauen entwickelt haben.
Nach Aussage des griechischen Staatspräsidenten Prokopis Pavlopoulos werde man keine „illegalen Deutungen“ des Prespa-Abkommen hinnehmen. Er machte ferner deutlich, dass die Republik Makedonien erst dann eine Einladung für Beitrittsgespräche mit der NATO erhalten werde, wenn die Änderungen der makedonischen Verfassung mit der notwendigen Mehrheit durch das Parlament beschlossen worden sind und „die erforderlichen Garantien“ beinhalte. Das betreffe entsprechend auch die Eröffnung der Beitrittsgespräche zwischen der Europäischen Union (EU) und der Republik Makedonien.
Das griechischen und das makedonischen Außenministerium versuchten die Lage zu beruhigen. Am Rande eines NATO-Treffens kam es auch zu einem Gespräch zwischen dem stellvertretenden Minister für europäische Angelegenheiten Jorgos Katroungalos und dem makedonischen Außenminister Nikola Dimitrov. Im Anschluss stellte Katroungalos fest, beide Seiten seien sich darin einig, dass „problematische Erklärungen, die Zweifel schüren“ verhindert werden müssten. Griechenland und die Republik Makedonien seien entschlossen, Geist und Buchstaben des Prespa-Abkommens zum gemeinsamen Vorteil beider Parteien zu wahren. Des Weiteren bekräftigte er, dass Griechenland das Abkommen vollständig ratifizieren wolle, wenn die Verfassung der Republik Makedonien wie vereinbart geändert worden sei.
Schärfer reagierte der Vorsitzende der größten Oppositionspartei Nea Dimokratia (ND) Kyriakos Mitsotakis. Er erklärte, dass die ND das Prespa-Abkommen im Parlament weder jetzt noch später ratifizieren werde. Die Nea Dimokratia habe „weder Sprache noch Nationalität verschenkt“. Mitsotakis rief alle Abgeordneten der anderen Parteien Griechenlands dazu auf, ebenfalls entsprechend zu handeln, „um den Schaden zu begrenzen“. Die Aussagen des makedonischen Ministerpräsidenten Zaev kommentierte Mitsotakis so, dass man angesichts des Inhaltes des Prespa-Abkommens nichts anderes habe erwarten können.
Der UN-Sondervermittler im sogenannten Namensstreit Matthew Nimetz, der als Architekt der erzielten Vereinbarung vom 17. Juni 2018 gilt, zeigte sich angesichts des aktuellen Streits besonders besorgt. Er telefoniert umgehend mit dem makedonischen Ministerpräsidenten Zoran Zaev und forderte diesen dazu auf, sich an den Geist der getroffenen Vereinbarung zu halten.
In der Republik Makedonien war man um Schadensbegrenzung bemüht. Der Regierungssprecher der makedonischen Regierung, Mile Bosnjakovski, versicherte, dass es natürlich eine innere Angelegenheit Griechenlands sei, welche Sprachen dort unterrichtet würden. Der makedonische Ministerpräsident Zoran Zaev würde absolut für eine Politik der europäischen Werte und für eine Verbesserung der guten nachbarschaftlichen Beziehungen stehen. Es würde bedauert es, dass die Aussage des makedonischen Ministerpräsidenten falsch aufgefasst worden sei. Die Republik Makedonien wolle Mitglied der EU werden. Daher stehe die Republik Makedonien vollkommen dahinter, dass das geschlossene Prespa-Abkommen vollständig umgesetzt werde.