Ein wichtiger Schritt in der staatsrechtlichen Etablierung der ethnischen bzw. slawischen Makedonier als Nation war die Gründung einer eigenständigen Makedonisch-Orthodoxen-Kirche, wie sie entsprechend auch für die Bulgaren und die Serben besteht. Die Gründung einer eigenständigen Kirche wurde auch im Rahmen der staatlichen Politik sowohl in der jugoslawischen Föderation als auch im makedonischen Staat gefördert.
Bereits 1958 haben die makedonisch-orthodoxen Bischöfe innerhalb der Serbisch-Orthodoxen Kirche eine eigene Kirchenorganisation geschaffen. Bis 1967 blieben die makedonischen Bischöfe in kanonischen Fragen jedoch noch unter der Jurisdiktion des serbischen Patriarchen in Belgrad.
Am 19.07.1967 erklärte sich die Makedonisch-Orthodoxe Kirche für autokephal, also für Unabhängig. Zuvor hatte im Herbst 1966 das serbische Patriarchat einen entsprechenden Antrag der makedonischen Bischöfe abgelehnt. Da die Autokephalie einseitig von der Makedonisch-Orthodoxen Kirche erklärt wurde, wird sie von allen anderen Orthodoxen Kirchen und vom Patriarch in Konstantinopel (Sitz in Istanbul) als kirchenrechtswidrig betrachtet. Keine Orthodoxe Kirche hat die Autokephalie der Makedonisch-Orthodoxen Kirche bisher anerkannt.
Vergleichbare Schritte gab es bereits im Mittelalter bei der Gründung der Serbisch-Orthodoxen Kirche und der Bulgarisch-Orthodoxen Kirche sowie im 20. Jahrhundert bei der Gründung der Albanisch-Orthodoxen Kirche. In allen diesen Fällen wurde die Autokephalie nachträglich anerkannt. Im Falle der Makedonisch-Orthodoxen Kirche ist das allerdings bis heute nicht geschehen, obwohl sie in kirchlicher Lehre und gottesdienstlicher Praxis mit den anderen Orthodoxen-Kirchen in Übereinstimmung ist.
Es können daher vor allem politische Gründe für die Nichtanerkennung der Makedonisch-Orthodoxen Kirche angenommen werden. Bei dem Streit geht es auch um Besitztümer, die von der Serbisch-Orthodoxen Kirche beansprucht werden. Der Streit zwischen der Makedonisch-Orthodoxen Kirche und der Serbisch-Orthodoxen Kirche um Anerkennung und Besitztümer hält bis heute noch an. Die Makedonisch-Orthodoxe Kirche sieht sich in der Tradition des Erzbistums von Ohrid, welches im 18. Jahrhundert untergegangen ist. Die Makedonisch-Orthodoxe Kirche hat heute sieben Eparchien (Bistümer bzw. Diözesen) in der Republik Makedonien und drei weitere im Ausland für die Angehörigen der makedonischen Diaspora.