Der griechische Ministerpräsident Kyriakos Mitsotakis wird nach seiner Aussage das Prespa-Abkommen als völkerrechtlichen Vertrag achten. Des Weiteren wird er auch den Beginn von möglichen Beitrittsgesprächen zwischen der Europäischen Union (EU) und der Republik Nord-Makedonien grundsätzlich nicht blockieren. Allerdings würde Griechenland hierfür Bedingungen stellen. Als Bedingungen wurden genannt, dass sich die Republik Nord-Makedonien strikt an das Abkommen zu halten habe und der griechische Handelsname „Makedonien“ für Produkte aus der griechischen Region Makedonien geschützt werden müsse. Aus griechischer Sicht soll so der Schaden durch das Prespa-Abkommen begrenzt werden. Sowohl Griechenland als auch Nord-Makedonien benutzen die Begriffe „Makedonien“ und „makedonisch“ auch als Handelsname, z.B. „Makedonischer Wein“.
Aufgrund der durch das Prespa-Abkommen vorgesehenen Verhandlungen bezüglich der Verwendung der Begriffe „Makedonien“ und „makedonisch“ als Handelsmarken besteht Konfliktpotential zwischen Griechenland und der Republik Nord-Makedonien, vor allem weil die konservative hellenische Regierung nur das griechische Makedonien als „wahres Makedonien“ ansieht. Dennoch dürfte die griechische Regierung kein Interesse daran haben, den Streit um den Namen „Makedonien“ wieder aufflammen zu lassen. Die politischen Beobachter in beiden Staaten gehen davon aus, dass das Prespa-Abkommen von Griechenland und Nord-Makedonien beachtet und umgesetzt wird.